En
la cordillera predominan las rocas graníticas, generalmente cubiertas
por una capa de cenizas volcánicas, sobre las que se han formado la mayoría
de los suelos. Si bien la estepa posee un basamento cristalino (que aflora
en distintos lugares) recibió posteriormente mantos de rocas eruptivas,
fácilmente reconocibles en el área, y varias capas de sedimentos terrestres
y principalmente marinos, correspondientes a sucesivas ingresiones del
mar a lo largo de los últimos millones de años (terciario y cuaternario).
El manto de cantos rodados que cubre gran parte de la Patagonia es sin
duda el más extenso del mundo, con fragmentos que oscilan de tamaños,
desde 2 o 3 cm a mas de 10 cm.
La Patagonia era parte del gran continente Gondwana. La placa sobre la que descansa Sudamérica comenzó su migración hace poco más de 70 millones años (aún no existía la cordillera de los Andes), y la Patagonia bajo un clima cálido y húmedo se encontró por épocas cubiertas de bosques, o debajo del mar, como atestiguan tanto sus fósiles marinos como los llamados "árboles petrificados" y los abundantes dinosaurios que se encuentran en el área. Hace unos 30 millones de años comenzó el choque con una placa sobre la que yace el océano Pacífico, y la cordillera de los Andes comenzó a por la fuerza del choque, proceso que aún continúa. Los plegamientos provocaron el aprisionamiento de la lava y su posterior erupción en forma de volcanes y los húmedos vientos de océano Pacífico chocaron desde entonces con estas montañas, descargando sobre ellas la lluvia y avanzando secos por las extensas y planas estepas de la Patagonia. La lluvia se convirtió en ríos que excavaron luego valles y se reunieron para drenar las aguas hacia ambos océanos, proceso que en los últimos millones de años enfrentó sucesivos ciclos fríos y cálidos. En los períodos fríos las aguas marinas caían como nieve y formaban ríos de hielos (glaciares) que excavaban los paisajes y en los cálidos los glaciares se derretían y las aguas retenidas volvían a los océanos elevándose nuevamente el nivel de los mares. Hoy la región ha quedado dividida en dos geografías tan disímiles como la plana e inhóspita estepa patagónica y la imponente cordillera, fenómeno que implica fuertes diferencias climáticas, biológicas, e inevitablemente humanas.
La ciudad de San Martín de los Andes se ubica en un amplio valle formado por la acción de glaciares y ríos. Los glaciares, que hace unos 18.000 años cubrían la región se originaban en las altas montañas y avanzaban como ríos de hielo (por valles preexistentes) excavando con increíble fuerza, y formando las cuencas que hoy, al derretirse los hielos, contienen los lagos de la región. En algunos casos, la fuerza del glaciar decrecía con la distancia, provocando sucesivas terrazas que cada vez menos profundas. Los materiales (piedras todos los tamaños) que se producían en la excavación, se depositaban a los costados, en el fondo y en el final de la "lengua" glaciaria, dejando un valle en forma de U. ¡Que fuerza tendría esa excavación que excavó lagos como el Lácar, hoy de casi 300 metros de profundidad! Todo el material excavado fue depositado formando lomas y "morenas". Sobre el valle formado por el glaciar del lago Lácar, posteriormente el río dejó sucesivas capas de sedimentos de distinto tamaño formando una "vega" plana.
La cordillera de los Andes es una de las zonas volcánicas más activas del planeta en este momento. Siempre es posible encontrar en la Patagonia algún volcán activo. Los volcanes se destacan ya que su altura suele ser muy superior (hasta 4000 msnm) que la altura media de la cordillera, que en la zona oscila en los 2000 msnm. Cubiertos de nieves eternas, dominan la región y pueden ser vistos desde grandes distancias. Tal es el caso del Volcán Lanín que da nombre al Parque Nacional. El volcán Achen Niyeu puede verse desde el circuito al lago Curruhué. Su actividad hace unos 400 años provocó la corridas de lava sobre las que aún hoy no ha logrado regenerarse el bosque. La gran actividad volcánica de la zona origina la formación de "termas", corrientes de agua que en contacto con el magma se calientan y por presión ascienden y salen a superficie. Para los que gustan de las caminatas pueden visitarse las Termas de Queñi , que por su ubicación de acceso exclusivamente pedestre permanecen en estado natural. Allí es posible bañarse en un arroyo transparente que surge caliente de una roca fracturada, rodeado de helechos y vegetación frondosa. En la ruta al Paso Carirriñe se encuentran las termas de Epulafquen o LahuenCo . 16 pozones y vertientes pueden disfrutarse en forma natural o mediante las precarias instalaciones sobre las que se proyecta un moderno complejo turístico. Si hace clic en Lanín aparece este texto. Se puede acceder desde otros lugares? Por ejemplo sería bueno llegar aca desde Parque Nacional Lanín: El volcán Lanín [foto del Lanín] es uno de los más destacables y próximos al área, con 3777 metros de altitud. Es un hito visibles desde muchos sitios, tales como el Cerro Chapelco [foto desde el Chapelco], o las rutas de acceso a San Martín de los Andes. Es un volcán que "duerme", es decir, que no está extinto, y que algún día puede retomar su actividad. Desde su cima y desde otros grandes picos pueden verse a la distancia otros volcanes como el activo Villarrica (en Chile), y los durmientes Tronador (en el limítrofe Parque Nacional Nahuel Huapi), puntiagudo, Puyehue, etc. También una gran cantidad de pequeños volcanes que casi no se distinguen como tales. Existen distintas rutas de ascenso al Volcán Lanín, que pueden realizarse supeditadas a las normas del Parque Nacional.